Das pyMANGA-Projekt

Wie bekannt wird pyMANGA über ein xml-File gesteuert (siehe hierzu auch diesen Abschnitt). Hier wird der Inhalt des XML-Files präsentiert. OGS-Spezifische Anpassungen und Parameter werden erläutert. Eine Beschreibung aller anderen Konfigurationen kann der allgemeinen Dokumentation entnommen werden.

<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
    <MangaProject>
        <random_seed>1</random_seed>
        <tree_dynamics>
        <aboveground_competition>
            <type>SimpleTest</type>
        </aboveground_competition>

Für Simulationen mit dem Untergrundkonzept OGSLargeScale3D müssen folgende Konzeptspezifische Tags definiert werden:

• der absolute Pfad zum Ordner mit allen relevanten OGS-Dateien (*ogs_project_folder*)
  

• die OGS- Projektdatei (*ogs_project_file*)
  

• das Source Mesh (*source_mesh*)
  

• das Bulk Mesh (*bulk_mesh*)
  

• die Zeitschrittlänge, die angibt wie lange das Grundwasserströmungsmodell rechnet, bevor der Rest des BETTINA-Zeitschritts extrapoliert wird(*delta_t_ogs*)
  

• Skript mit Python-Randbedingungen (*python_script*)
  

Das in Das OGS Projekt beschriebene ogs-Projekt muss als ogs_project_file angegeben werden. Die zuvor definierte python Randbedingung wird unter dem Namen python_script eingefügt. Definition und Nutzung der Zeitlich veränderlichen Randbedingungen sind unter die Ranbedingungen ausführlich beschrieben. delta_t_ogs definiert, für wie lange das Grundwasserströmungsmodell rechnet, bevor der Rest des BETTINA-Zeitschritts extrapoliert wird. Wie die Meshes für die Grundwassersimulation erstellt werden ist im Detail unter die Grundwasserdomain beschrieben. Die Parameter seaward_salinity und landward_salinity sind Parameter, die später in der python Randbedingung von OGS genutzt werden. Hier können beliebige Parameter eingeführt werden, solange wir diese in unserer Randbedingung nutzen. Spezifikationen der Tide beginnen mit tide_ und werden ebenfalls in der python Randbedingung verwendet.

    <belowground_competition>
        <type>OGSLargeScale3D</type>
        <ogs_project_folder>/ABSOLUTE/PATH/TO/pyMANGA/test/website_test/</ogs_project_folder>
        <ogs_project_file>ogs_projectfile.prj</ogs_project_file>
        <source_mesh>my_first_source.vtu</source_mesh>
        <bulk_mesh>my_first_model.vtu</bulk_mesh>
        <delta_t_ogs>500000</delta_t_ogs>
        <abiotic_drivers>
            <seaward_salinity>0.035</seaward_salinity>
            <landward_salinity>0.035</landward_salinity>
            <tide_daily_amplitude> 0 </tide_daily_amplitude>
            <tide_monthly_amplitude> 0 </tide_monthly_amplitude>
            <tide_daily_period> 60 * 60 * 12. </tide_daily_period>
            <tide_monthly_period> 60. * 60 * 24 * 31 / 2. </tide_monthly_period>
        </abiotic_drivers>
        <python_script>python_script.py</python_script>
    </belowground_competition>
    <tree_growth_and_death>
        <type>SimpleBettina</type>
    </tree_growth_and_death>
    </tree_dynamics>

Für dieses Beispiel verwenden wir eine zuvor abgespeicherte initiale Baumverteilung.

    <initial_population>
        <group>
            <name>Initial</name>
            <species>Avicennia</species>
            <distribution>
                <type>GroupFromFile</type>
                <filename>/ABSOLUTE/PATH/TO/pyMANGA/test/website_test/initial_trees.csv</filename>
            </distribution>
        </group>
    </initial_population>
        <tree_time_loop>
        <type>Simple</type>
        <t_start>0</t_start>
        <t_end> 3e9 </t_end>
        <delta_t> 3e6</delta_t>
    </tree_time_loop>
    <visualization>
       <type>NONE</type>
    </visualization>
    <tree_output>
        <type>NONE</type>
    </tree_output>
</MangaProject>

In diesem Beispiel wird eine initiale Baumverteilung in das Programm hereingeladen. Diese sollte in einem externen File mit folgendem Inhalt liegen:

tree,	time,	x,	y,	r_stem,	h_stem,	r_crown,	r_root	
Initial_000000001,	0,	20,	5.0,	0.04,	3.5,	1.4,	0.7
Initial_000000002,	0,	22.5,	5.0,	0.04,	3.5,	1.4,	0.7